В чем разница между стандартным оконным менеджером и кастомными оболочками?

Возможно, имелись в виду различия между оконными менеджерами и графическими оболочками.

Оконный менеджер — это приложение, которое отвечает за размещение, декорирование окон, взаимодействие с ними: изменение размеров, максимизация, свёртывание, закрытие. help.ubuntu.ru Оконные менеджеры могут работать как вместе с окружением рабочего стола, так и отдельно от него. help.ubuntu.ru

Графическая оболочка (среда рабочего стола) — это разновидность графических интерфейсов пользователя, основанная на метафоре рабочего стола. ru.m.wikiversity.org Такая среда обеспечивает пространство, на котором появляются окна, пиктограммы, панели и другие элементы. ru.m.wikiversity.org Графические оболочки обычно поддерживают работу с несколькими приложениями одновременно, позволяют пользователям переключаться между различными задачами, видеть их текущее состояние и управлять ими через систему окон. help.sweb.ru

Таким образом, разница между стандартным оконным менеджером и графическими оболочками в том, что оконные менеджеры отвечают за базовое управление окнами, а графические оболочки предоставляют целостную среду с панелью задач, меню и прочими элементами. dzen.ru

При этом оконные менеджеры могут отличаться такими показателями, как возможности настройки внешнего вида и функциональности, способы запуска различных приложений, потребление оперативной памяти и прочих ресурсов компьютера и другие. ru.m.wikiversity.org