В чем разница между системными и пользовательскими командами в администрировании серверов?

Разница между системными и пользовательскими командами в администрировании серверов заключается в их назначении и использовании:

• Системные команды предназначены для управления самой системой сервера, например, для настройки учётных записей пользователей, резервного копирования данных, определения процедур восстановления и совместимости приложений. hr-portal.ru Для их выполнения системные администраторы используют интерпретатор командной строки, который предоставляет более полный список функций к каждой команде по сравнению с графическим окружением. oblako.kz
• Пользовательские команды используются для управления операционной средой отдельных пользователей сервера и включают действия, связанные с формированием их операционной среды, например, изменение состава программных групп, показываемых на экране дисплея, включение новых иконок и т. п.. citforum.ru

Таким образом, системные команды ориентированы на работу с системой сервера в целом, а пользовательские — на управление операционной средой отдельных пользователей сервера.