Разница между системными и пользовательскими папками в Windows заключается в их назначении:

• Системные папки содержат критические важные для операционной системы файлы, без которых её нормальное функционирование невозможно. 5 Например, в папке System32 хранятся исполняемые файлы служебных программ, системные утилиты, динамические библиотеки DLL, файлы для работы с реестром и драйвера. 5
• Пользовательские папки предназначены для хранения данных пользователя, включая рабочий стол, документы, картинки, избранное и другие. 1 Например, в папке Users по умолчанию размещаются профили пользователей, а также по одной папке на каждую учётную запись. 1

Таким образом, системные папки важны для работы операционной системы, а пользовательские — для хранения данных пользователя.