Разница между системными и пользовательскими файлами конфигурации заключается в их назначении и расположении: 1

1. Системные файлы конфигурации касаются всей системы. 1 Как правило, они располагаются в корневом разделе, и для того, чтобы их изменить, необходим доступ суперпользователя. 1
2. Пользовательские файлы конфигурации приспосабливают среду к индивидуальным предпочтениям пользователей. 1 Как правило, они располагаются в домашнем каталоге пользователя, и для того, чтобы их изменить, права суперпользователя не требуются. 1

Таким образом, системные файлы конфигурации обеспечивают общие настройки системы, а пользовательские — адаптируют её под индивидуальные предпочтения пользователя.

Например, в Linux системные файлы конфигурации обычно находятся в каталоге /etc/, а пользовательские — в домашнем каталоге каждого пользователя. 2