Разница между различными форматами виртуальных дисков заключается в том, что каждый из них предназначен для определённой программы виртуализации: 2

• VDI (Virtual Disk Image) — родной формат для Oracle VirtualBox. 2 Файлы в этом формате портативны и могут запускаться с помощью других программ виртуализации. 2
• VHD (Virtual Hard Disk) — стандартный формат для продуктов виртуализации Microsoft, включая Microsoft Virtual PC и Virtual Server. 2
• VMDK — собственный формат виртуальных дисков от VMware. 2 Его поддерживают, в частности, VirtualBox и QEMU. 1

Ещё два формата виртуальных дисков, которые поддерживает, например, VMmanager:

• RAW. 3 Формат данных, содержащий необработанные (или обработанные в минимальной степени) данные. 3 При использовании этого формата виртуальная машина занимает столько места на диске, сколько выделено при создании. 3
• Qcow2. 3 Формат дискового образа программы QEMU. 3 При использовании этого формата виртуальная машина занимает столько места на диске, сколько реально на ней данных. 3

Выбор формата зависит от конкретных требований и предпочтений пользователя.