В чем разница между пользовательскими и системными конфигами?

Возможно, имелись в виду конфигурационные файлы, которые используются для настройки программ и систем. skyeng.ru en.wikipedia.org

Разница между пользовательскими и системными конфигурационными файлами заключается в их назначении и месте расположения: wiki.merionet.ru

1. Системные конфигурационные файлы касаются всей системы. wiki.merionet.ru Они, как правило, располагаются в корневом разделе и для их изменения необходим доступ суперпользователя. wiki.merionet.ru Такие файлы содержат информацию об утилитах и командах системного уровня, которые используются для администрирования и функционирования системы. wiki.merionet.ru
2. Пользовательские конфигурационные файлы приспосабливают среду к индивидуальным предпочтениям пользователей. wiki.merionet.ru Как правило, они располагаются в домашнем каталоге пользователя, и для их изменения права суперпользователя не требуются. wiki.merionet.ru Такие файлы позволяют настраивать и адаптировать под себя приложения. wiki.merionet.ru

Таким образом, системные конфигурационные файлы отвечают за работу всей системы, а пользовательские — за настройку среды с учётом предпочтений конкретного пользователя.