Разница между подключением Яндекс Диска через приложение и через веб-интерфейс заключается в способе работы с файлами и доступных функциях.

Через веб-интерфейс можно загружать и редактировать файлы, работать с ними с любого устройства, имеющего доступ к интернету. 1 Пользователь может скачивать загруженные ранее файлы, сортировать их по папкам и добавлять новые данные с жёсткого диска. 2 Однако просмотр некоторых файлов (например, документов PDF, RTF, MS Office, текстовых и HTML-файлов) возможен только для скачивания. 2

Через приложение можно, например, делать сканы документов, автоматически загружать фото и видео в облако, использовать другие сервисы Яндекс 360 на смартфоне. 1 В приложении есть сканер: с помощью камеры на телефоне можно сделать скан бумажного документа и сохранить его в облаке. 1 Если приложение установлено на нескольких компьютерах, все изменения синхронизируются. 2

Таким образом, приложение больше подходит для работы с файлами, требующими специфических функций, а веб-интерфейс — для общего управления файлами и работы с ними с разных устройств.