Разница между подключением видеокарты через порт Thunderbolt и внутренний mPCI-E заключается в особенностях процесса и возможностях подключения:

1. Подключение через порт Thunderbolt осуществляется с помощью док-станции, которая подключается к ноутбуку через этот порт с высокой пропускной способностью среди внешних портов. 12 Однако такое решение имеет недостатки: цена док-станции сопоставима со стоимостью мощной видеокарты, а разъём Thunderbolt присутствует не во всех ноутбуках. 1
2. Подключение через внутренний разъём mPCI-E происходит посредством специального переходника EXP GDC, который включает в себя слот PCI-E и все необходимые комплектующие для стабильного подключения видеокарты. 2 При этом нужно пожертвовать встроенным Wi-Fi модулем ноутбука. 1

Стоит учитывать, что оба способа не позволят полностью раскрыть возможности видеокарты, так как пропускная способность портов ниже, чем у стандартного PCI-Ex16 версии 3.0. 1