Разница между перезагрузкой сетевого менеджера и перезапуском отдельных сетевых интерфейсов заключается в уровне управления и цели этих операций.

Перезагрузка сетевого менеджера (например, NetworkManager) предназначена для случаев, когда сеть настроена именно через этот менеджер. 1 В этом случае нужно отключить программу, а затем сразу включить её, что фактически и будет перезапуском. 1

Перезапуск отдельных сетевых интерфейсов (например, с помощью команд ifup и ifdown) происходит на более низком уровне и подразумевает сначала отключение, а затем включение всех интерфейсов. 15

Таким образом, перезагрузка сетевого менеджера ориентирована на общее управление сетью, а перезапуск интерфейсов — на управление каждым из них отдельно.