Разница между паролем приложения и обычным логином в навигационных системах заключается в их назначении:

• Логин позволяет опознать пользователя, то есть выполнить главную функцию аутентификации. 1 Он фигурирует в формах запросов и отчётах, его иногда приходится сообщать в службу поддержки. 1
• Пароль предотвращает от несанкционированного доступа, то есть решает главную задачу информационной безопасности. 1

Таким образом, логин отвечает за идентификацию пользователя, а пароль — за защиту учётной записи от взлома.

Например, в Яндекс Навигаторе можно создать пароль приложения, которому требуется пароль от Яндекс ID, чтобы при входе в навигатор можно было использовать уже созданный пароль. 2

Таким образом, в навигационных системах пароль приложения обеспечивает безопасность учётной записи, а логин — её идентификацию.