Возможно, имелись в виду различия между обработкой обычных текстовых сообщений и специально оформленных команд в ботах, например в Telegram. 35

Обработка сообщений подразумевает реакцию на любые входящие сообщения, для этого используют обработчики сообщений (MessageHandler). 2 Например, можно научить бота отвечать не только на определённую команду, но и на сообщения, в которых встречается определённое слово. 2

Обработка команд связана с реагированием на специально оформленные сообщения, которые всегда начинаются с косой черты (/). 35 После следует сама команда, текст которой должен быть без пробелов. 3 Например, с команды /start пользователь начинает общение с ботом. 3 В зависимости от настроек бота, он может видеть либо любые сообщения, либо только команды. 3

Таким образом, разница заключается в том, что обработка сообщений охватывает все входящие сообщения, а обработка команд — только определённые, специально оформленные сообщения.