Разница между MySQLi и PDO при работе с базами данных заключается в следующем:

• MySQLi ориентирован на работу только с одной СУБД — MySQL. 1 Библиотека предоставляет два способа взаимодействия с базами данных: объектно-ориентированный и процедурный. 1 К преимуществам MySQLi относят то, что она больше ориентирована на специфику MySQL и быстрее применяет новшества, которые появляются с новыми выпусками MySQL. 1
• PDO более универсален. 3 Библиотека позволяет работать не только с MySQL, но и с рядом других систем баз данных — Firebird, PostreSQL, SQLite, Oracle, MS SQL Server и т. д.. 1 С помощью PDO можно использовать общий подход для подключения к поддерживаемым системам баз данных, где часто достаточно изменить строку подключения. 1

Таким образом, выбор между MySQLi и PDO зависит от конкретных требований и задач разработчика.