Разница между mini PCIe и mSATA заключается в типе разъёмов, используемых для твердотельных накопителей (SSD). 1

Mini PCIe изначально создавался для подключаемых карт, например беспроводных адаптеров. 1 mSATA специально разработан для использования с SSD и предназначен для небольших устройств, таких как ноутбуки и нетбуки. 1

Некоторые отличия SSD с разными разъёмами:

• Mini PCIe SSD предлагают более высокую скорость передачи данных и большую ёмкость хранилища по сравнению с mSATA SSD. 1
• mSATA SSD чаще встречаются в более старых устройствах и имеют компактный размер. 1

При этом коннекторы mSATA и mini PCI-E идентичны по габаритам и похожи по сигналам. 3