Разница между методами записи загрузочных образов в UltraISO заключается в режимах эмуляции устройств: 1

• USB-HDD — базовый режим. 1
• USB-HDD+ — расширенный режим, при использовании которого загрузочная флешка с большей вероятностью будет совместима с BIOS (UEFI) того или иного компьютера (ноутбука), нежели при использовании базового USB-HDD. 1
• USB-HDD+ v2 — обеспечивает совместимость загрузочной флешки практически с любым, даже очень специфическим железом. 1

Выбор метода зависит от конкретных требований к совместимости с оборудованием. Например, в большинстве случаев работает USB-HDD+, но если версия BIOS его не увидит, можно перезаписать флешку в режиме USB-HDD. 2