Возможно, имелись в виду различия между командами, которые используются для управления сервером, и командами, предназначенными для работы в консоли.
Команды управления сервером помогают сетевому администратору выполнять различные задачи, необходимые для управления сетью. citforum.ru Например, с их помощью можно просматривать конфигурацию сервера, устанавливать дату и время, обеспечивать связь между сервером и источником бесперебойного питания и так далее. citforum.ru
Консольные команды в Windows Server, как правило, больше акцентированы на работу с подключениями и дисками. timeweb.com К таким командам относятся, например, chkdsk (проверка дисков и метаданных на наличие ошибок), cleanmgr (очистка диска), attach vdisk (подключение виртуального жёсткого диска) и другие. timeweb.com
Таким образом, разница между командами управления сервером и консольными командами заключается в их задачах: первые ориентированы на управление сервером, вторые — на работу с консолью и различными аспектами операционной системы.