Разница между командами openssl req и openssl x509 для работы с сертификатами заключается в их функциях:

• openssl req (сокращение от request) позволяет создать и обработать запрос на сертификат, а также сгенерировать самоподписанный сертификат CA. 12
• openssl x509 — утилита для подписи сертификатов и для показа их свойств. 3

Таким образом, команда openssl req занимается созданием и обработкой запросов на сертификат, а openssl x509 — подписью сертификатов и их свойствами.