Возможно, имелись в виду различия между способами настройки иконок приложений на устройствах с разными операционными системами.
Заводские темы обычно подразумевают настройки, которые установлены по умолчанию производителем устройства. journal.citilink.ru Как правило, такие настройки меняют цвет не всех значков, например, системные приложения «Камера» и «Галерея» сохраняют прежний вид. journal.citilink.ru
Кастомные темы позволяют пользователю самостоятельно настраивать внешний вид иконок приложений. lumpics.ru xakep.ru Для этого могут использоваться, например:
Таким образом, разница между кастомными и заводскими темами заключается в том, что заводские настройки ограничены настройками производителя, а кастомные позволяют пользователю самостоятельно определять внешний вид иконок приложений.