Разница между Java KeyStore и Windows Certificate Store заключается в их функциях и области применения.

Java KeyStore (хранилище ключей) используется для хранения собственных приватных ключей и сертификатов сервера или клиента. 45 Основная цель — безопасное управление ключевыми материалами, необходимыми для выполнения различных криптографических операций, таких как шифрование, расшифровка и цифровая подпись. 5

Windows Certificate Store хранит ключи и сертификаты пользователя, которые можно использовать для выполнения криптографических операций, таких как проверка подписи, шифрование данных и другие. 2

Таким образом, Java KeyStore ориентирован на хранение приватных ключей и сертификатов субъекта, а Windows Certificate Store предназначен для выполнения криптографических операций с пользовательскими данными.