Разница между getComputedStyle и getPropertyValue при работе с CSS-переменными заключается в их функциях:

• getComputedStyle() позволяет получить вычисленные стили конкретного HTML-элемента. 13 Функция возвращает объект, который содержит все вычисленные стили, включая значения из внешних таблиц стилей, встроенных стилей и настроек браузера по умолчанию. 1
• getPropertyValue() используется для извлечения значений конкретных свойств. 1 Метод принимает фактическое имя свойства CSS, а не то, которое используется для JavaScript. 2

Таким образом, getComputedStyle() даёт более широкий обзор стилей элемента, а getPropertyValue() позволяет работать с отдельными свойствами.