Разница между FreeDOS и MS-DOS для создания загрузочной дискеты заключается в их происхождении и особенностях.

MS-DOS — операционная система, разработанная компанией Microsoft. 5 MS-DOS давно не поддерживается и не продаётся. 5 Для создания загрузочных дискет с этой системой используется, например, утилита MS-DOS BOOT FROM USB, которая позволяет записывать полноценные образы MS-DOS, а не просто переносить файлы с дискет. 6

FreeDOS — бесплатная альтернатива MS-DOS, разработанная под лицензией GNU. 5 FreeDOS не использует код, созданный Microsoft, а пишет свой код, обладающий аналогичным функционалом. 5 FreeDOS поддерживает все функции MS-DOS и позволяет запускать все программы и игры, которые были разработаны для MS-DOS. 4

Ещё одна особенность FreeDOS — поддержка FAT-32 дисков объёмом до 128 Гб, поддержка сети, но отсутствие встроенной поддержки NTFS и USB. 5