Разница между форматами хранилища ключей PKCS12 и JKS заключается в том, что JKS специфичен для Java, а PKCS12 — стандартизированный и независимый от языка способ хранения зашифрованных закрытых ключей и сертификатов. 13

Некоторые другие отличия:

• Поддержка платформ и инструментов. 2 PKCS12 поддерживается на широком разнообразии платформ и инструментов, в то время как JKS можно использовать только в приложениях на Java. 2
• Поддержка типов ключей. 2 PKCS12 поддерживает хранение секретных ключей, а также закрытых и открытых ключей и сертификатов. 2 JKS не может хранить секретные ключи. 2
• Алгоритм шифрования. 2 Стандарт PKCS#12 позволяет гибко выбирать алгоритм шифрования. 2 Например, при выборе более сильного алгоритма, такого как блочный шифр AES, хранящиеся ключи будут более защищёнными по сравнению с JKS. 2
• Проверка целостности. 2 В PKCS#12 проверка целостности осуществляется не для отдельных записей, а для всего хранилища ключей. 2 В JKS для проверки целостности хранящегося закрытого ключа используется тег аутентификатора. 2

Начиная с Java 9, формат хранилища ключей по умолчанию — PKCS12. 13