Разница между форматами CER и PKCS#12 для хранения сертификатов заключается в их особенностях:

1. Формат CER (Canonical Encoding Rules) обеспечивает однозначную кодировку и использует данные неопределённой длины, в конкретных случаях с маркером окончания данных. 4
2. Формат PKCS#12 (Personal Information Exchange, PFX) — бинарный формат, при использовании которого в одном зашифрованном файле хранится не только личный сертификат сервера и промежуточные сертификаты центра сертификации, но и закрытый ключ. 5

Таким образом, основное различие в том, что формат CER фокусируется на кодировке данных, а формат PKCS#12 — на структуре файла, который содержит и сертификат, и закрытый ключ 125.