Разница между FAT32 и exFAT форматами для мультизагрузочных флешек заключается в их характеристиках и использовании:

1. FAT32 подходит для флешек объёмом менее 32 ГБ и для решения простых задач, например, передача и хранение файлов небольшого размера (менее 4 ГБ). 4 Файловая система совместима со всеми версиями Windows, Mac, Linux, игровыми консолями и почти всеми гаджетами, у которых есть USB-порт. 4
2. exFAT рекомендуется для флешек объёмом больше 32 ГБ, на которых хранятся документы и файлы больших размеров. 5 Файловая система не ограничивает объём файлов и разделов, что позволяет записывать на флеш-накопитель файлы размером более 4 ГБ. 4 Кроме того, в exFAT снижено число перезаписей секторов, ответственных за хранение информации, что увеличивает срок службы накопителя. 4

Таким образом, выбор между FAT32 и exFAT зависит от задач и целей использования флешки.