Разница между FAT16 и FAT32 для флеш-накопителей заключается в следующих особенностях:

• FAT16 подходит для накопителей невысокой ёмкости, так как размер как файла, так и раздела в этой системе ограничен 2 ГБ. 1 Максимальный размер области FAT в FAT16 составляет 128 Кбайт, поэтому вся она хранится в памяти или считывается с диска целиком за один проход. 4
• FAT32 — наиболее массовая система для внешних накопителей. 1 Она позволяет создавать большие разделы диска при сохранении высокой скорости чтения/записи. 5 Однако файлы в FAT32 не могут иметь размер более 4 ГБ, поэтому в ней нельзя хранить на накопителе образы DVD-дисков, очень большие архивы или некоторые фильмы. 1

Таким образом, выбор между FAT16 и FAT32 зависит от конкретных требований и задач пользователя.