В чем разница между Crypto Pro ЭЦП и Java СКЗИ?

Возможно, имелись в виду продукты компании «КриптоПро»: «КриптоПро Java CSP» и «КриптоПро JCP». web.archive.org habr.com

КриптоПро Java CSP — это Java-модуль, который выполняет все криптографические операции с использованием криптопровайдера «КриптоПро CSP». web.archive.org Продукт предназначен для: web.archive.org

• авторизации и обеспечения юридической значимости электронных документов при обмене ими между пользователями; web.archive.org
• обеспечения конфиденциальности и контроля целостности информации посредством её шифрования и имитозащиты; web.archive.org
• обеспечения аутентичности, конфиденциальности и имитозащиты соединений TLS; web.archive.org
• контроля целостности системного и прикладного программного обеспечения для его защиты от несанкционированного изменения или от нарушения правильности функционирования; web.archive.org
• управления ключевыми элементами системы в соответствии с регламентом средств защиты. web.archive.org

КриптоПро JCP — это средство криптографической защиты информации, которое реализует российские криптографические стандарты. habr.com Продукт разработан в соответствии со спецификацией JCA (Java Cryptography Architecture). habr.com

Таким образом, разница между «КриптоПро Java CSP» и «КриптоПро JCP» заключается в их функциях и сферах применения.