Возможно, имелись в виду различия между браузерными плагинами и программами для работы с электронной цифровой подписью (ЭЦП).

Браузерные плагины обеспечивают связь браузера и криптопровайдера, нужны для безопасности при обмене ключевой информацией между браузером и средствами криптографической защиты информации (СКЗИ). 12 С помощью плагинов удостоверяют действия на определённых сайтах, например, на платформах электронных торгов. 1 Некоторые сайты используют собственные плагины, например, «Госуслуги», «Контур», СБИС. 3

Автономные программы предназначены для подписания документов на компьютере. 3 Например, «КриптоАРМ» — популярная программа с богатым функционалом. 3 В процессе работы такая программа считывает файл сертификата электронной подписи и закрытый ключ, затем подписывает электронные документы. 4

Таким образом, разница между браузерными плагинами и автономными программами заключается в том, что плагины работают в контексте браузера, а программы — отдельно от него.