Разница между блокировкой cookie в инкогнито и блокировкой сторонних файлов cookie заключается в том, что они решают разные задачи.

Блокировка cookie в инкогнито предотвращает сохранение следов от посещения сайтов на компьютере пользователя, так как в этом режиме не остаётся истории посещений. 35 При этом сайт может установить новые файлы cookie, так как не может прочитать старые. 5

Блокировка сторонних файлов cookie запрещает сохранение файлов cookie для всех сайтов, кроме тех, которые добавлены в список исключений. 1 Если выбрать полную блокировку сторонних файлов cookie, функции некоторых сайтов могут стать недоступными. 1

Таким образом, блокировка cookie в инкогнито направлена на предотвращение следов от посещения сайтов, в то время как блокировка сторонних файлов cookie — на общее ограничение сохранения файлов cookie для всех сайтов, кроме определённых исключений.