Разница между автозапуском в системе Windows и сторонних программах заключается в том, как настраивается эта функция:

1. Автозапуск в системе Windows настраивается средствами операционной системы. 1 Для этого можно переместить ярлык в специальную папку, изменить настройки в «Диспетчере задач», использовать планировщик в разделе «Управление компьютером», изменить характеристики работающих служб и выполнить настройки через реестр. 1
2. Настройка автозапуска с помощью сторонних программ предполагает указание разрешений на автоматическую загрузку в самом приложении. 1 Большинство пользовательских программ позволяют указать, должна ли она стартовать вместе с системой или нет. 1

Также для управления автозапуском можно использовать сторонние программы, например, Starter (утилита от CodeStuff, совмещающая в себе менеджер задач и автозагрузки) или Autoruns (программа от Windows, которая позволяет управлять автозапуском встроенных в систему сервисов и драйверов). 3