Возможно, имелись в виду различия между глобальными скриптами AutoHotkey и скриптами, ориентированными на конкретные приложения или окна. 1

Глобальные скрипты в AutoHotkey работают везде: в любых приложениях и на рабочем столе Windows. 1

Скрипты, ориентированные на приложения, позволяют, например, одним сочетанием клавиш выполнять разные действия в двух разных программах. 1

Также есть возможность использовать автономные скрипты, объединив их с исполняемым файлом AutoHotkey, чтобы создать приложение, которое можно применять на нескольких компьютерах без необходимости индивидуальной установки. 5

Таким образом, разница заключается в том, что глобальные скрипты работают в общем, а скрипты для приложений позволяют настраивать автоматизацию в определённых программах.