Разница между автоматической и ручной синхронизацией заключается в том, как происходит отправка изменений данных: 1

1. Автоматическая синхронизация. 1 Приложение автоматически отслеживает и регистрирует к отправке изменения справочников и документов, гарантируя актуальность данных. 1
2. Ручная синхронизация. 1 Переносятся только изменения справочников, а отправка документов производится вручную при помощи специального помощника. 1 При этом контроль актуальности документов выполняется пользователем самостоятельно. 1

Например, в приложении «1С:Управление нашей фирмой» при автоматической синхронизации приложение автоматически регистрирует к отправке изменения данных справочников, а при ручной — только регистрирует изменения данных справочников, а отправка документов выполняется пользователем вручную. 1

Также разница может быть в том, что при автоматической синхронизации пользователь указывает частоту и место копирования, а при ручной — сам копирует материалы. 2