Разница между автоматической и ручной процедурами обновления корневых сертификатов заключается в способе выполнения процесса.

Автоматическое обновление происходит без участия пользователя, система сама получает и обновляет корневые сертификаты. 13 Например, по умолчанию все операционные системы семейства Windows автоматически получают и обновляют корневые сертификаты с сайта Microsoft. 1

Ручное обновление предполагает выполнение процесса с помощью специальной утилиты, которая позволяет в рамках одного файла получить все сертификаты, посмотреть их, экспортировать только нужные для обновления или установить сразу все. 3

Таким образом, автоматическое обновление происходит автоматически, а ручное — с участием пользователя через специальную утилиту.