В чем разница между автоматическими и вручную созданными ярлыками в Windows?

Возможно, имелись в виду способы создания ярлыков в Windows.

Автоматическое создание может происходить, например, с помощью групповой политики на сервере, когда ярлыки появляются на рабочем столе после включения компьютера. www.cyberforum.ru

Ручное создание предполагает, что пользователь сам создаёт ярлык, например, кликая правой кнопкой мыши по любому месту на рабочем столе и выбирая раздел «Создать», а в нём пункт «Ярлык». lumpics.ru Затем нужно указать расположение объекта — путь к исполняемому файлу или другому документу. lumpics.ru

Таким образом, разница между автоматическими и вручную созданными ярлыками в Windows заключается в том, что в первом случае процесс происходит без участия пользователя, а во втором — пользователь сам определяет, как создать ярлык.