В чем разница между автоматическими и вручную созданными ярлыками в Windows?

Возможно, имелись в виду способы создания ярлыков в Windows.

Автоматическое создание может происходить, например, с помощью групповой политики на сервере, когда ярлыки появляются на рабочем столе после включения компьютера. 1

Ручное создание предполагает, что пользователь сам создаёт ярлык, например, кликая правой кнопкой мыши по любому месту на рабочем столе и выбирая раздел «Создать», а в нём пункт «Ярлык». 2 Затем нужно указать расположение объекта — путь к исполняемому файлу или другому документу. 2

Таким образом, разница между автоматическими и вручную созданными ярлыками в Windows заключается в том, что в первом случае процесс происходит без участия пользователя, а во втором — пользователь сам определяет, как создать ярлык.