Разница между автоматическими и ручными ярлыками в современных дистрибутивах Linux заключается в том, что пользовательские ярлыки имеют приоритет над системными. 1

Автоматические ярлыки создаются системой и обычно находятся в определённых каталогах для приложений, установленных в системе (например, /usr/share/applications/ или /usr/local/share/applications/). 1

Ручные ярлыки создаются пользователем и представляют собой текстовые файлы с командами на запуск, названиями и путями до иконок. 23 Такие файлы обычно находятся в каталоге ~/.local/share/applications/ для пользовательских приложений. 1

Таким образом, автоматические ярлыки создаются системой, а ручные создаются пользователем и позволяют настроить внешний вид и поведение ярлыков для конкретных приложений и задач.