Разница между автоматическими и ручными сканерами заключается в принципе работы:

• Автоматические сканеры работают благодаря системе автоматической подачи листов, например, как в протяжных сканерах. 3 Такие модели часто используют в офисах для автоматизированного сканирования большого объёма документов. 3
• Ручные сканеры отличаются небольшими размерами и портативностью. 3 В них отсутствует двигатель, а сканирующий модуль необходимо передвигать рукой. 2 Ручные сканеры подходят для сканирования небольшого количества документов, например, во время путешествий или в командировках. 3

Также ручное сканирование производится со стекла, что нужно для сканирования документов, которые, например, нельзя расшивать. 5 Автоматизированное сканирование проводится в расшитом виде потоком, что намного быстрее. 5