В чем разница между автоматическим написанием прописных букв и ручным?

Возможно, имелись в виду различия между печатными и рукописными прописными буквами.

Печатные прописные буквы — это те, которые присутствуют в книгах, на экранах, в типографском тексте. avtor24.ru

Рукописные прописные буквы используют в тетрадях, при письме от руки. avtor24.ru

Некоторые различия между этими формами написания:

• Навык: ручное письмо требует более сложного навыка, в процессе (особенно в детском возрасте) задействованы все отделы головного мозга. tenchat.ru Печатание — навык более простой, при нём мозг практически не развивается. tenchat.ru
• Усвоение информации: при ручном письме усвоение информации в процессе обучения происходит гораздо лучше, чем при печатании на компьютере. tenchat.ru

При этом важно помнить, что прописная ≠ рукописная: прописные буквы могут быть как печатными, так и рукописными. avtor24.ru