Разница между автоматическим и ручным монтированием флеш-накопителей в Linux заключается в том, как система обнаруживает и монтирует устройство:

1. Автоматическое монтирование. 1 Если в системе используется окружение рабочего стола, то оно берёт на себя всю низкоуровневую работу. 1 Система обнаруживает подключённую флешку и в системном лотке всплывает уведомление о подключённом устройстве. 1 Достаточно кликнуть по значку флешки, чтобы система выполнила все нужные для её монтирования действия. 1
2. Ручное монтирование. 13 Если окружение рабочего стола не запущено или нужно работать в консоли, то все действия по монтированию флешки выполняются вручную. 1 Для этого нужно узнать имя файла флешки в системе (файлы флешек и других устройств хранения данных находятся в каталоге /dev) и выполнить соответствующую команду в терминале. 1

Таким образом, при автоматическом монтировании система сама обнаруживает и монтирует флешку, а при ручном пользователь выполняет эти действия самостоятельно.