Разница между автоматическим и ручным монтированием флеш-накопителей в Linux заключается в том, как система обнаруживает и монтирует устройство:
  - Автоматическое монтирование.                                                                          losst.pro                       Если в системе используется окружение рабочего стола, то оно берёт на себя всю низкоуровневую работу.                                                                          losst.pro                       Система обнаруживает подключённую флешку и в системном лотке всплывает уведомление о подключённом устройстве.                                                                          losst.pro                       Достаточно кликнуть по значку флешки, чтобы система выполнила все нужные для её монтирования действия.                                                                          losst.pro                      
- Ручное монтирование.                                                                          losst.pro                                                                                               wiki.archlinux.org                       Если окружение рабочего стола не запущено или нужно работать в консоли, то все действия по монтированию флешки выполняются вручную.                                                                          losst.pro                       Для этого нужно узнать имя файла флешки в системе (файлы флешек и других устройств хранения данных находятся в каталоге /dev) и выполнить соответствующую команду в терминале.                                                                          losst.pro                      
Таким образом, при автоматическом монтировании система сама обнаруживает и монтирует флешку, а при ручном пользователь выполняет эти действия самостоятельно.