В чем разница между аутентификацией по мастер-ключу и обычной двухфакторной аутентификацией?

Возможно, имелись в виду различия между аутентификацией по ключам и двухфакторной аутентификацией.

Двухфакторная аутентификация предполагает использование двух паролей: постоянного, который создаёт пользователь, и временного, формируемого системой для подтверждения действия. otus.ru Обычно временный пароль приходит в виде СМС-сообщения. otus.ru Подлинным пользователем считается тот, у кого есть и постоянный пароль, и временный. otus.ru

Аутентификация по ключам, например по ключам FIDO U2F (наиболее популярная модель — YubiKey). dzen.ru Во время регистрации сервис и ключ запоминают уникальную для каждого сервиса и пользователя информацию. dzen.ru В процессе аутентификации сервис отправляет ключу определённый запрос, на который ключ даёт ответ только в том случае, если запрос правильный. dzen.ru

Таким образом, разница заключается в способе реализации: при двухфакторной аутентификации используются пароли, а при аутентификации по ключам — уникальный для сервиса и пользователя ключ, который участвует в процессе аутентификации и подтверждает право на вход. dzen.ru