Некоторые преимущества полифагов перед другими типами антивирусного ПО:

• Универсальность. 5 Полифаги проверяют файлы, загрузочные секторы дисков и операционную память, ищут в них как известные, так и новые вирусы. 5
• Способность работать с большим вирусным заражением. 3 Полифаги могут справляться с ситуацией, когда вирус захватил большое пространство. 3
• Возможность не только обнаружить вирус, но и вылечить заражённый файл. 3 Полифаги удаляют вредоносный код, возвращая файл в исходное состояние. 4

Однако у полифагов есть и недостатки: программа занимает много места на жёстком диске, а проверка в ней выполняется долго. 3