Некоторые преимущества использования защищённой флешки для хранения электронных подписей перед другими носителями:

• Защита от случайного удаления. 1 Управление подписями, записанными на носитель, осуществляется через программу, записать и удалить что-либо с носителя можно только с её помощью. 1
• Защита от несанкционированного доступа. 23 Доступ к подписи осуществляется только после ввода пароля. 1

Обычная флешка не имеет таких функций, поэтому её использование для хранения ключей электронной подписи небезопасно — ключ может быть потерян или попасть в чужие руки. 2

Также на флешках для электронных подписей обычно урезан объём памяти, их ёмкость от 32 Кб до 128 Кб, что позволяет записать от 2 до 10 электронных подписей и больше ничего. 1