Некоторые преимущества FileZilla Server перед встроенной FTP-функциональностью Windows:

• Поддержка различных протоколов передачи. 1 FileZilla Server поддерживает FTP, SFTP, WebDAV, Amazon S3, OpenStack Swift, Backblaze B2, Microsoft Azure и OneDrive, Google Drive и Dropbox. 1
• Возможность возобновления закачки файла. 3 Это полезно, например, при работе с файлами объёмом больше 4 Гб после разрыва соединения. 3
• Возможность присвоения прав доступа. 4 В FileZilla Server можно назначить каждому пользователю различные права доступа к файлам на сервере: изменение, чтение, запись и удаление. 4
• Регулярные обновления. 1 Разработчики часто выпускают обновления программы, чтобы исправлять ошибки и добавлять новые функции. 1

Некоторые недостатки FileZilla Server:

• Неподдержка других платформ. 1 Программа работает только на Windows, для других операционных систем (Unix, OSX, Linux) FileZilla Server не предназначена. 1
• Установка стороннего ПО. 3 В 2014 году FileZilla была замечена в установке майнерских утилит вместе со своим клиентом. 3
• Отсутствие шифрования паролей. 13 Сохраняемые в клиенте пароли никак не шифруются. 3