Некоторые преимущества биодизеля второго поколения:

• разнообразие биологической массы, пригодной к переработке; 2
• более высокая эффективность производства (в среднем на 30–40%); 2
• существенное сокращение выбросов некоторых видов парниковых газов в процессе использования (может достигать 90%). 2

Некоторые недостатки биодизеля второго поколения:

• несовершенство технологий и высокая себестоимость выпуска; 2
• экономически выгодными становятся лишь масштабные производства со значительной производительностью, а значит — большими капиталовложениями; 2
• сложность переработки сырья (требуются более высокотехнологичные реакторы и системы подготовки биомассы); 3
• недостаточная отдача с единицы площади, из-за чего под такие культуры приходится отводить значительные земельные ресурсы. 4