Отличие ярлыков приложений от системных значков в Linux заключается в их назначении и расположении.

Системные значки — это графические изображения, которые представляют системные элементы, такие как настройки, сетевые подключения, заряд батареи. 1 Обычно такие значки используются в системном трее или области уведомлений. 1 Системные значки хранятся в каталоге /usr/share/icons/. 1

Ярлыки приложений — это файлы конфигурации, которые описывают, как запускается приложение и какие данные оно может обрабатывать. 3 Они также настраивают, как и с каким значком отображаются приложения в меню. 3 Ярлыки приложений, или файлы .desktop, обычно находятся в /usr/share/applications/ или /usr/local/share/applications/ для приложений, установленных в системе, или в ~/.local/share/applications/ для пользовательских приложений. 3

Таким образом, системные значки связаны с представлением системных элементов, а ярлыки приложений — с описанием и отображением конкретных приложений.