ISO и MDF — разные форматы образов дисков, которые имеют свои особенности.

ISO — популярный образ диска для хранения оптических дисков, использующий файловую систему ISO 9660. 2 ISO-образ содержит меньше информации, чем исходный компакт-диск. 4

MDF (Media Descriptor File) — проприетарный образ диска для создания битовых копий оптических носителей с помощью инструмента Alcohol 120%. 2 MDF поддерживает аудиодорожки, многослойные носители и компакт-диски, на которых смешаны аудиодорожки и дорожки данных. 2

Таким образом, ISO больше подходит для общего хранения данных, а MDF — для работы с определённым типом носителей и с конкретным программным обеспечением.