Особенности работы файловых вирусов на разных операционных системах заключаются в способах заражения исполняемых файлов. 12

Для MS-DOS распространённым способом заражения COM-программ является внедрение в конец файла. 1 Основной код дописывается в конец файла, а в его начало записывается команда перехода к телу вируса. 1

Для Windows характерно размещение тела вируса в дополнительной секции, в пустых «хвостах» секций или в неиспользуемом пространстве между заголовком и секциями. 1 При этом общая длина файла может оставаться прежней. 1

Для операционных систем семейства UNIX (например, для Linux) файловые вирусы используют похожие приёмы, заражая, например, ELF-программы. 1

Также существуют вирусы, поражающие исполняемые файлы других операционных систем: семейство Windows 9x, на ядре Windows NT, OS/2, MacOS. 3

Как правило, каждый файловый вирус заражает файлы одной или нескольких операционных систем. 5