Необходимость в двух папках Program Files для 32- и 64-битных программ в Windows возникла для распределения программного обеспечения в зависимости от его разрядности. 1

В Program Files устанавливают 64-битные программы, а в Program Files (x86) — 32-битные. 12

Разделение по соответствующим папкам упрощает и ускоряет процесс корректного запуска программного обеспечения, так как в зависимости от разрядности программ Windows использует разные алгоритмы обработки их файлов. 1 Например, если 32-битное приложение попытается загрузить 64-битную версию, это с большой вероятностью приведёт к сбою. 4

Обычно Windows автоматически определяет разрядность программы и соответствующую папку для установки. 1