Возможная причина автоматического исчезновения языков ввода после переключения между окнами в Ubuntu —  баг, связанный с интеграцией iBus от разработчиков GNOME. 4

По одному из возможных решений, можно попробовать вернуть горячие клавиши во всех приложениях, что, по мнению некоторых пользователей, должно помочь исправить проблему. 4

Также есть мнение, что проблема может быть связана с неустановленным пакетом hud. 1 В таком случае решение — установить его с помощью команды sudo apt install hud. 1

Ещё одна возможная причина —  устаревшая версия Ubuntu. 3 В таком случае рекомендуется обновить ОС до последней версии. 3