Несколько причин, по которым системы электронной подачи документов ещё недостаточно распространены:

• Отсутствие достаточной юридической базы. 2 Для повсеместного использования систем электронного документооборота необходима законодательная база, которая бы регламентировала применение электронно-цифровой подписи (ЭЦП). 2
• Психологические факторы. 2 Некоторые руководители предпочитают работать с бумажными документами и не готовы самостоятельно использовать ЭЦП. 2
• Организационные проблемы. 2 При работе с персональным ключом нужно обеспечивать его сохранность и не передавать ключ другим лицам. 2
• Сложности с переходом на электронный документооборот. 4 Для внедрения системы нужно выбрать оператора и систему, приобрести и установить программное обеспечение, переобучить персонал. 4
• Опасения о надёжности хранения электронных документов. 4 Некоторые компании боятся, что электронный архив может быть повреждён и без дублирования на бумаге документы будут утеряны. 4

Для решения этих проблем необходимо, например, разработать единые стандарты и форматы электронных документов, а также обеспечить юридическую подкрепление статуса ЭЦП, равного статусу физической подписи. 23