Системные файлы и пользовательские данные нужно хранить отдельно по нескольким причинам:

• Проще создавать резервные копии. 1 Пользовательские данные изменяются намного чаще, чем системные. 1 Если хранить их вместе, то объём резервной копии будет больше, а восстановление пользовательских данных потребует лишних усилий и времени. 1
• Меньше риск потери информации. 2 Если хранить системные и пользовательские файлы на одном диске, то при некоторых ситуациях, например атаке вирусами или выходе из строя жёсткого диска, есть вероятность потерять данные. 2 Когда системные и пользовательские файлы разделены, то риск потери информации меньше. 2
• Улучшение производительности. 2 Если и системные, и пользовательские файлы размещены на одном диске, то из-за активного использования системного раздела коэффициент фрагментации файлов будет быстро увеличиваться. 2 Это может привести к замедлению чтения информации и её записи на диск. 2
• Снижение вероятности повреждения системных файлов. 4 При проблемах с операционной системой (сбои, заражения и т. п.) обычно нарушения происходят в системных файлах. 4 Если они отделены от пользовательских, то проблема не выходит за рамки системного диска. 4