Несколько возможных причин, по которым .NET Framework 3.5 не устанавливается автоматически в Windows:

• Повреждение системных файлов. 2 Повреждённые файлы Windows могут конфликтовать с .NET Framework 3.5 и препятствовать установке. 2
• Отсутствие исходных файлов. 2 Установка невозможна, если в системе нет исходного файла. 2
• Некорректные обновления. 1 Например, в Windows 8 и Windows Server 2012 R2 проблема возникала из-за установки обновлений безопасности, которые предназначались для .NET Framework 3.5 и устанавливались независимо от того, был ли компонент установлен в системе или нет. 1
• Проблемы с интернетом. 5 Неработающий или отключённый интернет, а также заблокированный доступ к серверам Microsoft могут стать причиной ошибок при установке. 5
• Сторонние антивирусы и файрволлы. 5 Можно попробовать временно их отключить и повторить установку. 5

Для решения проблемы можно попробовать использовать утилиту для устранения проблем с установкой .Net Framework, доступную на сайте Microsoft. 5 Если самостоятельно решить проблему не удаётся, рекомендуется обратиться к специалисту.