Установка слишком большого количества программ на системный диск может привести к снижению производительности компьютера. 4 От загруженности этого диска зависит скорость работы компьютера. 4

Кроме того, когда система установлена на жёсткий диск, для правильной дефрагментации требуется не менее 15% свободного пространства. 1 Чем меньше места выделено под системный раздел, тем выше вероятность, что будет преодолён этот порог, что приведёт к неэффективной дефрагментации. 1

Также есть проблема с реестром: почти все приложения Windows требуют, чтобы вся информация о пути установки, программных модулях, библиотеках DLL и настройках была записана в нём. 2 Если переустановить Windows, старый реестр удаляется, что может привести к сбою предустановленных программ. 2

Чтобы избежать этих проблем, рекомендуется оставлять на системном диске хотя бы 10–15% свободного места. 5